Pedagoški vodja in posvetovalni organ šole je ravnatelj. Poleg ravnatelja je organ upravljanja tudi svet zavoda, ki ga sestavljajo: trije predstavniki ustanovitelja – občine, trije predstavniki šole in trije predstavniki staršev. Predstavnike staršev v svet šole voli svet staršev. Svet staršev sestavljajo po en predstavnik staršev vsakega oddelka matične šole in PŠ Debro, po en predstavnik PŠ Rečica, PŠ Šentrupert, PŠ Vrh ter dva predstavnika oddelkov NIS in je organiziran za uresničevanje interesov staršev v šoli.

Strokovni organi šole so: učiteljski zbor, oddelčni učiteljski zbor, strokovni aktivi in razredniki.